Trường có 15 khoa, 3 viện nghiên cứu, 1 bộ môn trực thuộc và 1 trường phổ thông (trường Trung học phổ thông Thực hành sư phạm). Ngoài ra còn một số trung tâm và phòng ban chức năng khác phục vụ việc quản lý và đào tạo.

Khoa Công nghệ

• Định hướng trở thành Trường Bách khoa trực thuộc Đại học Cần Thơ
• Đào tạo bậc Kỹ sư nhóm ngành Kỹ thuật và công nghệ: Kỹ thuật xây dựng, Kỹ thuật Xây dựng Công trình thủy, Kỹ thuật Xây dựng Công trình Giao thông, Kỹ thuật Cơ khí (Chuyên ngành Cơ khí chế tạo máy, Cơ khí Ô tô, Cơ khí Chế biến), Kỹ thuật Điện, Công nghệ Kỹ thuật Hóa học, Kỹ thuật Máy tính, Kỹ thuật Điện tử - viễn thông, Kỹ thuât Cơ - Điện tử, Kỹ thuật Điều khiển và Tự động hóa, Kỹ thuật vật liệu, Quản lý công nghiệp.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Kỹ thuật Điều khiển và Tự động hoá, Kỹ thuật Hoá học, Kỹ thuật Xây dựng Công trình thuỷ, Kỹ thuật Điện.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Kỹ thuật Điều khiển và Tự động hoá.

Khoa Kinh tế

• Định hướng trở thành Trường Kinh tế trực thuộc Đại học Cần Thơ
• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành Kinh tế, kinh doanh và quản lý: Kế toán, Kiểm toán, Kinh doanh quốc tế, Kinh doanh thương mại, Kinh tế, Kinh tế nông nghiệp, Kinh tế tài nguyên thiên nhiên, Marketing, Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành, Quản trị kinh doanh, Tài chính - Ngân hàng.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Kinh tế học, Kinh tế nông nghiệp, Quản lý kinh tế, Quản trị kinh doanh, Tài chính - Ngân hàng.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Kinh tế nông nghiệp, Quản trị kinh doanh, Tài chính - Ngân hàng.

Khoa Nông nghiệp

• Định hướng trở thành Trường Nông nghiệp trực thuộc Đại học Cần Thơ
• Đào tạo bậc Kỹ sư nhóm ngành Nông lâm nghiệp, Chế biến, Chăn nuôi, Thú y và Khoa học sự sống: Bảo vệ thực vật, Công nghệ rau hoa quả và cảnh quan, Công nghệ sau thu hoạch, Công nghệ thực phẩm, Chăn nuôi, Khoa học đất (chuyên ngành Quản lý đất và công nghệ phân bón), Khoa học cây trồng (chuyên ngành Khoa học cây trồng và chuyên ngành Nông nghiệp công nghệ cao), Nông học, Sinh học ứng dụng, Thú y.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Bảo vệ thực vật, Chăn nuôi, Công nghệ sau thu hoạch, Công nghệ thực phẩm, Di truyền và chọn giống cây trồng, Khoa học cây trồng, Khoa học đất, Thú y.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Bảo vệ thực vật, Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi, Chăn nuôi, Công nghệ thực phẩm, Khoa học cây trồng, Khoa học đất.

Khoa Công nghệ Thông tin và Truyền thông

• Định hướng trở thành Trường Công nghệ Thông tin và Truyền thông trực thuộc Đại học Cần Thơ.
• Đào tạo bậc Kỹ sư nhóm ngành Máy tính và công nghệ thông tin: Công nghệ thông tin (chuyên ngành Công nghệ thông tin và Tin học ứng dụng), Hệ thống thông tin, Kỹ thuật phần mềm, Khoa học máy tính, Mạng máy tính và truyền thông dữ liệu, An toàn thông tin (2022), Đa phương tiện (2022).
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Hệ thống thông tin, Khoa học máy tính, Công nghệ thông tin.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Hệ thống thông tin.

Khoa Luật

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành pháp luật : Luật (chuyên ngành Luật hành chính, Luật thương mại và Luật tư pháp).
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Luật kinh tế.

Khoa Sư phạm

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành đào tạo giáo viên: Giáo dục tiểu học, Sư phạm Địa lý, Sư phạm Hóa học, Sư phạm Lịch sử, Sư phạm Ngữ văn, Sư phạm Sinh học, Sư phạm Tin học, Sư phạm Toán học, Sư phạm Vật lý.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Lý luận và phương pháp dạy học bộ môn Toán, Lý luận và phương pháp dạy học bộ môn Văn và tiếng Việt, Quản lý giáo dục.

Khoa Thủy sản

• Đào tạo bậc Kỹ sư nhóm ngành Thủy sản, Chế biến, Chăn nuôi: Bệnh học thủy sản, Công nghệ chế biến thủy sản, Nuôi trồng thủy sản, Quản lý thủy sản.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Bệnh học thủy sản, Biến đổi khí hậu và Quản lý tổng hợp thủy sản ven biển, Nuôi trồng thủy sản, Quản lý thủy sản, Quản lý tổng hợp vùng ven biển, Đa dạng và bảo tồn nguồn lợi thủy sản.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Nuôi trồng thủy sản.

Khoa Ngoại ngữ

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành đào tạo giáo viên, Ngôn ngữ và văn hóa nước ngoài: Sư phạm Tiếng Anh, Sư phạm Tiếng Pháp, Ngôn ngữ Anh (chuyên ngành Ngôn ngữ Anh và Phiên dịch - Biên dịch tiếng Anh).
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Lý luận và phương pháp dạy học bộ môn tiếng Anh, Lý luận và phương pháp dạy học bộ môn tiếng Pháp.

Khoa Sau Đại học

Khoa Dự bị Dân tộc

Khoa Khoa học Tự nhiên

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành Khoa học tự nhiên - Hóa dược: Hóa dược, Hóa học, Sinh học, Toán ứng dụng, Vật lý kỹ thuật.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Hóa hữu cơ, Hóa lý thuyết và hóa lý, Lý thuyết xác suất và thống kê toán học, Sinh thái học, Toán giải tích, Vật lý lý thuyết và vật lý toán.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Hóa hữu cơ, Vật lý lý thuyết và vật lý toán.

Khoa Khoa học Chính trị

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành đào tạo giáo viên, Xă hội nhân văn: Giáo dục Công dân, Chính trị học, Triết học.

Khoa Phát triển Nông thôn

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành Kinh tế, kinh doanh và quản lý: Kinh doanh nông nghiệp.

Khoa Khoa học Xã hội và Nhân văn

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành Khoa học xã hội nhân văn: Thông tin - Thư viện, Văn học, Việt Nam học (chuyên ngành Hướng dẫn viên du lịch), Xã hội học.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Văn học Việt Nam.

Khoa Môi trường và Tài nguyên Thiên nhiên

• Đào tạo bậc Kỹ sư nhóm ngành Môi trường và tài nguyên: Kỹ thuật môi trường, Khoa học môi trường, Quản lý đất đai, Quản lý tài nguyên và môi trường.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Biến đổi khí hậu và Quản lý Đồng bằng, Khoa học môi trường, Kỹ thuật môi trường, Quản lý tài nguyên và môi trường, Quản lý đất đai.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Môi trường đất và nước, Quản lý đất đai.

Bộ môn Giáo dục Thể chất

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành đào tạo giáo viên: Giáo dục thể chất.

Viện Nghiên cứu Biến đổi Khí Hậu

Viện Nghiên cứu Phát triển Đồng bằng sông Cửu Long

• Đào tạo bậc Kỹ sư chuyên ngành định hướng quản lý kinh tế - xã hội nông thôn: Phát triển nông thôn.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Biến đổi khí hậu và Nông nghiệp nhiệt đới bền vững, Hệ thống nông nghiệp, Phát triển nông thôn, Chính sách công.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Phát triển nông thôn.

Viện Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Sinh học

• Đào tạo bậc Cử nhân nhóm ngành Khoa học tự nhiên: Công nghệ sinh học, Vi sinh vật học.
• Đào tạo hệ Thạc sĩ các ngành: Công nghệ sinh học, Vi sinh vật học.
• Đào tạo hệ Tiến sĩ các ngành: Công nghệ sinh học, Vi sinh vật học.

Trường THPT Thực hành Sư phạm

Các trung tâm đào tạo và các đơn vị trực thuộc khác

• Trung tâm Bồi dưỡng Nghiệp vụ Sư phạm
• Trung tâm Công nghệ Phần mềm
• Trung tâm Đào tạo, Nghiên cứu và Tư vấn kinh tế
• Trung tâm Điện - Điện tử
• Trung tâm Điện tử Tin học
• Trung tâm Giáo dục Quốc phòng & An ninh
• Trung tâm Liên kết Đào tạo
• Trung tâm Nghiên cứu và Ứng dụng công nghệ
• Trung tâm Ngoại ngữ
• Trung tâm Học liệu
• Trung tâm Quản lý chất lượng
• Trung tâm Thông tin và Quản trị mạng
• Trung tâm Đánh giá năng lực Ngoại ngữ
• Trung tâm Kiểm định và Tư vấn Xây dựng
• Trung tâm Dịch vụ Khoa học Nông nghiệp
• Trung tâm Chuyển giao Công nghệ và Dịch vụ
• Trung tâm Tư vấn, Hỗ trợ và Khởi nghiệp sinh viên
• Ban Quản lý dự án ODA
• Không gian sáng chế
• Nhà Xuất Bản Đại học Cần Thơ
• Tạp chí Khoa học Trường ĐHCT
• Công ty TNHH một thành viên KHCN